Dejando de lado el tema de los títulos, nos encontramos ante una película con bastantes cambios fuera de la pantalla, pues el puesto de director cae en manos de Jun Fukuda y la banda sonora en de Masaru Sato, acabando así con el tándem formado por Ishiro Honda y Akira Ifukube en casi todas las películas anteriores.
La historia empieza con un chico desesperado por encontrar a su hermano (desaparecido en un naufragio semanas atrás). La situación lo lleva a intentar conseguir su propio barco para tratar de buscarlo por si mismo, así que decide participar en un concurso de baile, donde se regala uno al que baile durante más tiempo. Debido a que el concurso ya había empezado su estúpido plan fracasa, pero allí conoce a otros chicos que deciden acompañarle al puerto para echar un vistazo a los barcos.
Ni cortos ni perezosos, nuestros protagonistas se introducen en uno de los barcos, lo cual provoca que el dueño se despierte y los confunda con ladrones. El dueño del barco, en un acto de bondad y necedad absoluta, decide dejar a los chicos que se quedan, siempre y cuando no le despierten, tras lo cual se echa a dormir. Al día siguiente descubre que han puesto en marcha el barco y se encuentran en alta mar, pero la mayor sorpresa está por llegar, pues el dueño del barco es en realidad un ladrón que lo había robado para huir de su último delito.
Debido a que están en alta mar deciden buscar al hermano del protagonista, pero el temporal empeora y en mitad de la tormenta aparece una enorme pinza gigante que rompe su barco y les hace naufragar cerca de una extraña isla.

Poco después descubren que la isla está habitada por una extraña organización que retiene a nativos de Infant Island como esclavos y que, de alguna manera, parece controlar a un monstruo gigante que vive en el mar.
Nuestros protagonistas son descubiertos por los guardas de la organización y mientras se esconden entre las cuevas, encuentran a Godzilla dormitando en el interior de la montaña. El cerco se estrecha sobre ellos y algunos son capturados, así que deciden despertar al monstruo gigante para usarlo como distracción mientras buscan una manera de escapar de la isla.

Ebirah Horror of the Deep es una película curiosa y llena de contrastes. Por un lado vuelve a intentar ofrecer algo nuevo con respecto a lo visto en películas anteriores, pues abandona los combates con 2 o más monstruos ya conocidos, para centrarse en un combate simple a dos bandas, siendo uno de los monstruos completamente nuevo.

También aleja la acción de la gran ciudad, para situarla en una isla tropical e introduce algunas escenas novedosas a la hora de presentar a los monstruos (la pinza de Ebirah saliendo del mar, Godzilla dormido) y conceptos nuevos (el liquido amarillo que repele a Ebirah).
Otro cambio agradable esta en los personajes humanos, que dejan de ser los típicos astronautas, científicos, periodistas o inventores, para convertirse en un ladrón, un tipo normal que busca a su hermano y unos chicos que participaban en un concurso de baile.

La banda sonora también ofrece un cambio notable con lo visto, Masaru Sato no es el gran Akira Ifukube, pero sus composiciones son mucho más frescas y alocadas, en cierto modo encajan bastante bien con el estilo de la película.
Por otro lado nos encontramos que el guion de la película está lleno de situaciones que se resuelven mágicamente por un golpe de suerte (hace un día soleado, pero cuando se les ocurre crear un pararrayos empieza a llover; el tipo que se queda colgando del globo llega a la isla de Mothra donde casualmente esta el hermano perdido; la llave maestra del ladrón sirve para todas las cerraduras de una base militar con tecnología a la última) y algunas situaciones sin sentido alguno (incluso comparadas con el estándar de esta clase de películas).

En lo que se refiere a la saga de Godzilla, Jun Fukuda es recordado como uno de los peores directores que han pasado por ella, sin embargo esta película es un soplo de aire fresco (pese a usar a Mothra y los nativos de Infant Island). Es cierto que para disfrutarla hay que verla con los ojos de un niño, casualmente la clase de público que Toho buscaba y que tiene escenas absurdas, pero no llega al nivel de ridículo visto en King Kong Vs Godzilla.

Curiosidades de esta película.
- El motivo por el cual se decidió ambientar la película en una isla tropical fue por ahorrar costes. Era mucho más caro crear maquetas de ciudades, que de un entorno tropical.
- La organización malvada se llama Red Bamboo, debido a la tensión que había con los países comunistas.
- Originariamente esta película se iba a llamar Operation Robinson Crusoe: King Kong vs Ebirah e iba a estar protagonizada por King Kong. Eso explica algunas de las cosas raras que suceden con Godzilla, como que se quede embobado mirando a la chica o que los protagonistas decidan despertarlo usando electricidad (recordemos que en King Kong VS Godzilla, la electricidad fortalecía a Kong).
