En Godzilla: City on the Edge of Battle veremos como los humanos tratan de recuperar el planeta Tierra del malvado monstruo Godzilla, que ha evolucionado hasta tal punto, que todo el ecosistema terrestre se ha mimetizado con él. Afortunadamente los restos de Mechagodzilla todavía están activos en la Tierra, lo cual puede equilibrar la balanza a favor de los humanos.
Años después de un accidente en una central nuclear de Japón, una pareja de monstruos despierta de su letargo y arrasan con todo lo que encuentran mientras se buscan el uno al otro. Un tercer monstruo (Godzilla) será el encargado de eliminar a esos seres, que al parecer son sus enemigos naturales