In Godzilla: City on the Edge of Battle werden wir sehen, wie Menschen versuchen, den Planeten Erde von dem bösen Monster Godzilla zu befreien, das sich so weit entwickelt hat, dass das gesamte Ökosystem der Erde mit ihm verschmolzen ist. Glücklicherweise sind die Überreste von Mechagodzilla immer noch auf der Erde aktiv, was die Waage zugunsten der Menschen ausgleichen könnte.
Jahre nach einem Unfall in einem Atomkraftwerk in Japan erwachen zwei Monster aus ihrem Schlaf und zerstören auf der Suche nacheinander alles, was sie finden. Ein drittes Monster (Godzilla) wird für die Vernichtung dieser Wesen verantwortlich sein, die offenbar ihre natürlichen Feinde sind.
Die Seatopianer haben genug von den Atomtests an der Erdoberfläche und lassen ein Käfermonster los, um sich zu rächen. Ein menschlicher Wissenschaftler beschließt jedoch, mit seinem Roboter Jet Jaguar zu versuchen, das Monster zu eliminieren. Gozdilla und Gigan werden sich diesem Kampf anschließen.